Posted by on 1 sierpnia 2018

Badanie Andersona na raka płuca17) włączono do analizy asocjacji genomewidu na etapie 1. Analiza replikacji w stadium 2a obejmowała dane od 410 pacjentów z pierwotną marskością żółciową i 310 kontroli z Kliniki Pierwotnej Mózgowej Marskości Krwi Bolesnej Mayo 14, a etap 2b zawierał dane od dodatkowych osobników w Kanadzie (116 pacjentów i 896 kontroli). Dane genomowe od pacjentów z Kanady i kontroli w stadium 1, które podlegały standardom kontroli jakości, oraz etap 2b (dodatkowe 116 pacjentów i 896 kontroli w Kanadzie) zostały uwzględnione w analizach precyzyjnych map. Dane z wszystkich pacjentów i grup kontrolnych (w etapach 1, 2a i 2b) zostały włączone do połączonej analizy. Genotypowanie i kontrola jakości
Metody oczyszczania i genotypowania DNA zostały opisane w Dodatku Uzupełniającym. W etapie próbki od pacjentów i kanadyjskich grup kontrolnych genotypowano dla 373 400 polimorfizmów pojedynczych nukleotydów (SNP) za pomocą urządzenia Illumina HumanHap370 BeadChip. Próbki z historycznych kontroli MD Andersona zostały genotypowane na urządzeniu Illumina HumanHap300 BeadChip. Dane genotypowania zostały poddane kontroli jakości przed analizą danych (patrz Dodatek dodatkowy). Genotypy zostały wywołane, jeśli przekroczyły minimalne standardy kontroli jakości. Pobrano pojedyncze próbki o wskaźnikach wywoływania genotypów mniejszych niż 95% i SNP o szybkości wywoływania mniejszej niż 95%, częstościach mniejszych alleli poniżej 1% lub odchyleniu od równowagi Hardy ego-Weinberga przy P <0,0001. Replikację i dokładne mapowanie przeprowadzono przy użyciu platformy genotypowania Sequenom MassArray iPLEX.
Analiza statystyczna
W analizie asocjacji genomewide przeprowadzono analizę parami według tożsamości za pomocą oprogramowania PLINK (wersja 1.05) 18 (http://pngu.mgh.harvard.edu/purcell/plink/) w celu identyfikacji osób z nadmierną tożsamością. współdzielenie zejścia (PI_HAT> 0,25), miara stopnia związku genetycznego między podmiotami. Jeden podmiot z każdej z 15 par przekraczających ten próg został usunięty z analizy asocjacji; obiekt w każdej parze o wyższej średniej stawce SNP został zachowany. Hierarchiczna analiza skupień została przeprowadzona przy użyciu metody PLINK w celu identyfikacji osobników o podobnych genotypach w całym genomie; 39 próbek, które były więcej niż 4 SD od najbliższego sąsiada, zostały usunięte z analizy. Późniejsze analizy asocjacyjne przeprowadzono za pomocą analizy warunkowej dostosowującej do rozwarstwienia między grupami podmiotów zidentyfikowanych przez hierarchiczne grupowanie. Aby alternatywnie kontrolować potencjalne zakłócające wpływy stratyfikacji populacji, przeprowadzono analizę asocjacji na podstawie analizy głównych składników zaimplementowanej w metodzie EIGENSTRAT19 z domyślnymi parametrami, w których skorygowaliśmy 10 wektory własne o najwyższych wartościach własnych. Wartości lambda wykazały minimalny poziom inflacji (1,085 przed i 1,056 po dostosowaniu do wektorów własnych); przy pomocy PLINK, wartości lambda wynosiły 1,14 bez korekty dla klastrów i 1,09 z korektą dla klastrów.
Allele i związki genotypowe oceniano za pomocą oprogramowania PLINK, a brak równowagi wiązania pomiędzy parami SNP i haplotypów określano przy użyciu oprogramowania Haploview, wersja 4.1 (www.broad.mit.edu/mpg/haploview)
[więcej w: stomatolog dla dzieci warszawa, osocze krwi oddawanie, lecytyna w kosmetyce ]

Powiązane tematy z artykułem: lecytyna w kosmetyce osocze krwi oddawanie stomatolog dla dzieci warszawa

Posted by on 1 sierpnia 2018

Badanie Andersona na raka płuca17) włączono do analizy asocjacji genomewidu na etapie 1. Analiza replikacji w stadium 2a obejmowała dane od 410 pacjentów z pierwotną marskością żółciową i 310 kontroli z Kliniki Pierwotnej Mózgowej Marskości Krwi Bolesnej Mayo 14, a etap 2b zawierał dane od dodatkowych osobników w Kanadzie (116 pacjentów i 896 kontroli). Dane genomowe od pacjentów z Kanady i kontroli w stadium 1, które podlegały standardom kontroli jakości, oraz etap 2b (dodatkowe 116 pacjentów i 896 kontroli w Kanadzie) zostały uwzględnione w analizach precyzyjnych map. Dane z wszystkich pacjentów i grup kontrolnych (w etapach 1, 2a i 2b) zostały włączone do połączonej analizy. Genotypowanie i kontrola jakości
Metody oczyszczania i genotypowania DNA zostały opisane w Dodatku Uzupełniającym. W etapie próbki od pacjentów i kanadyjskich grup kontrolnych genotypowano dla 373 400 polimorfizmów pojedynczych nukleotydów (SNP) za pomocą urządzenia Illumina HumanHap370 BeadChip. Próbki z historycznych kontroli MD Andersona zostały genotypowane na urządzeniu Illumina HumanHap300 BeadChip. Dane genotypowania zostały poddane kontroli jakości przed analizą danych (patrz Dodatek dodatkowy). Genotypy zostały wywołane, jeśli przekroczyły minimalne standardy kontroli jakości. Pobrano pojedyncze próbki o wskaźnikach wywoływania genotypów mniejszych niż 95% i SNP o szybkości wywoływania mniejszej niż 95%, częstościach mniejszych alleli poniżej 1% lub odchyleniu od równowagi Hardy ego-Weinberga przy P <0,0001. Replikację i dokładne mapowanie przeprowadzono przy użyciu platformy genotypowania Sequenom MassArray iPLEX.
Analiza statystyczna
W analizie asocjacji genomewide przeprowadzono analizę parami według tożsamości za pomocą oprogramowania PLINK (wersja 1.05) 18 (http://pngu.mgh.harvard.edu/purcell/plink/) w celu identyfikacji osób z nadmierną tożsamością. współdzielenie zejścia (PI_HAT> 0,25), miara stopnia związku genetycznego między podmiotami. Jeden podmiot z każdej z 15 par przekraczających ten próg został usunięty z analizy asocjacji; obiekt w każdej parze o wyższej średniej stawce SNP został zachowany. Hierarchiczna analiza skupień została przeprowadzona przy użyciu metody PLINK w celu identyfikacji osobników o podobnych genotypach w całym genomie; 39 próbek, które były więcej niż 4 SD od najbliższego sąsiada, zostały usunięte z analizy. Późniejsze analizy asocjacyjne przeprowadzono za pomocą analizy warunkowej dostosowującej do rozwarstwienia między grupami podmiotów zidentyfikowanych przez hierarchiczne grupowanie. Aby alternatywnie kontrolować potencjalne zakłócające wpływy stratyfikacji populacji, przeprowadzono analizę asocjacji na podstawie analizy głównych składników zaimplementowanej w metodzie EIGENSTRAT19 z domyślnymi parametrami, w których skorygowaliśmy 10 wektory własne o najwyższych wartościach własnych. Wartości lambda wykazały minimalny poziom inflacji (1,085 przed i 1,056 po dostosowaniu do wektorów własnych); przy pomocy PLINK, wartości lambda wynosiły 1,14 bez korekty dla klastrów i 1,09 z korektą dla klastrów.
Allele i związki genotypowe oceniano za pomocą oprogramowania PLINK, a brak równowagi wiązania pomiędzy parami SNP i haplotypów określano przy użyciu oprogramowania Haploview, wersja 4.1 (www.broad.mit.edu/mpg/haploview)
[więcej w: stomatolog dla dzieci warszawa, osocze krwi oddawanie, lecytyna w kosmetyce ]

Powiązane tematy z artykułem: lecytyna w kosmetyce osocze krwi oddawanie stomatolog dla dzieci warszawa